לפני ניקוי שטיח סיליקון, אסוף חומר ניקוי עדין, מברשת- רכה עם זיפים, מגבת נקייה ומים טריים. ראשית, השתמש במברשת הרכה-לצחצוח בעדינות אבק ופסולת פני השטח. לאחר מכן, ערבבו את חומר הניקוי עם מים והשרו את שטיח הסיליקון למשך 15 עד 30 דקות כדי לשחרר כתמים. לאחר ההשריה, השתמש במברשת הרכה-כדי לקרצף בעדינות את פני השטח; עבור כתמים עיקשים, ייתכן שתפעיל מעט יותר לחץ. לאחר השלמת הקרצוף, שטפו את המחצלת ביסודיות במים נקיים כדי להבטיח שלא יישארו שאריות חומר ניקוי; לאחר מכן, השתמש במגבת כדי לייבש אותה, תוך הקפדה לא לסחוט אותה בכוח, מכיוון שהדבר עלול לגרום לעיוות.
אם שטיח הסיליקון שומר על ריח לא נעים, ניתן להוסיף כמות קטנה של חומץ לבן למי השטיפה לאחר הניקוי ולהשרות אותו שוב כדי להעלים את הריח. עבור כתמים עקשניים במיוחד, מומלץ להשתמש בחומר ניקוי סיליקון מיוחד, מכיוון שהוא מציע ביצועי ניקוי מעולים. לאחר הניקוי, הנח את שטיח הסיליקון באזור -מאוורר היטב כדי להתייבש- באופן טבעי, הימנעות מאור שמש ישיר.
לשיטות ניקוי שונות יש את היתרונות והחסרונות שלהן: חומרי ניקוי סטנדרטיים הם זולים אך מציעים רק כוח הסרת כתמים ממוצע-; חומרי ניקוי מיוחדים מסיליקון הם יעילים ביותר אך מגיעים בעלות גבוהה יותר; והשרייה בחומץ לבן מסייעת בסילוק ריחות אך עשויה להיות מעט קורוזיבית לחומרים מסוימים.
